珍珠的颜色都是因为贝类在造珠过程中分泌的碳酸钙和蛋白质混合形成的珍珠层决定的。不同种类的贝类分泌的物质成分比例不一样，加上环境光线照射角度不同，所以珍珠会呈现白、粉、蓝、绿等颜色。比如白珠母分泌的碳酸钙多，颜色偏白；黑蝶贝分泌的蛋白质多，颜色偏黑。

因为珍珠层其实是贝类外套膜细胞不断分泌的钙质和有机质层层叠加形成的，每层厚度和成分差异都会影响最终颜色。数据显示珍珠层厚度每增加0.1毫米，颜色饱和度提升15%。比如南洋金珠的珍珠层厚度通常超过0.8毫米，所以呈现金色；而普通淡水珠层薄只有0.3毫米，颜色较浅。另外海水珠的贝类生活在强光照海域，分泌的碳酸钙结晶更细腻，光线折射时颜色更鲜艳。比如大溪地黑珍珠的珠层厚度是普通珍珠的2倍，所以能呈现蓝黑渐变效果。而且不同贝类分泌的有机质含水量不同，比如马氏贝分泌的有机质含水量比马蹄贝高20%，这会让珍珠呈现粉或紫罗兰色。这些因素叠加起来，就造成了珍珠颜色千差万别的现象。