玛瑙染色主要用化学染料比如有机染料或无机盐，染色后可能会有纹路。染料渗透进玛瑙缝隙时如果颜色不均匀就会显纹路，就像刷油漆时薄厚不同会显色差。玛瑙本身有天然纹路，染色时染料顺着纹路走就会更明显。有些商家用泡染法让染料渗透更深，但成本高颜色不均匀。

玛瑙的纹路成因和染色工艺有关。玛瑙是二氧化硅矿物，内部有微裂纹和孔隙，染料顺着这些结构扩散。根据《宝石学》2021年数据，有机染料渗透率约35%-45%，而无机盐渗透率可达60%-70%。当染料渗透深度超过玛瑙层厚度时，表面就会形成不均匀的纹路。比如用甲酸溶解玛瑙表面后染色，纹路明显比直接染色多出2-3倍。染料分子量越小越容易形成网状纹路，但容易褪色。商家常用混合染料降低成本，但会导致纹路杂乱，价格比纯色玛瑙低30%-50%。