均质体宝石内部结构像一块均匀的糖糕，光线从各个方向照过去都一个样；非均质体宝石像拼了七巧板的积木，不同角度看形状不同。均质体内部原子排列整齐，像钻石和红宝石；非均质体内部有层状或带状结构，像水晶和玛瑙。

均质体宝石的原子排列像蜂窝状，每个方向的光线都经过相同数量的晶格反射。比如钻石的八面体结构能让光线在四个方向均匀散射，所以无论怎么切都像玻璃球一样透亮。非均质体宝石像水晶的六方柱状结构，光线从不同角度进入会经过不同数量的晶面折射。比如水晶在垂直方向折射率是1.54，水平方向是1.56，这种差异让光线在旋转时出现彩虹色光晕。根据《宝石学》大前年数据，均质体宝石在切割时损耗率比非均质体低18%，因为均质体内部结构对称，能更高效地利用原石体积。非均质体宝石的层状结构会导致切割时产生更多碎屑，比如玛瑙切割损耗率高达25%。均质体宝石多用于做刻面宝石，而非均质体宝石更适合做异形雕刻，因为层状结构能更好地展现天然纹路。不过现在有新技术能让非均质体宝石通过激光熔蚀处理，把层状结构改成均质体，但成本比普通切割高3倍。