这部动画共有12集，大结局在一集。魔女和人类主角联手打败反派后，魔女为了拯救世界选择牺牲自己。观众普遍觉得结局很感人，但有些人觉得魔女提前牺牲太突然。

因为《善良魔女传》是日本前年播出的12集动画，每集25分钟左右。根据官方发布的片尾字幕，总集数明确标注为12集，且第12集标题直接叫“最终章”。剧情方面，动画第11集结尾主角团发现反派计划，第12集前半段用3集时间展开最终决战，后半段魔女在人类主角拼死保护下仍选择自我牺牲。这种牺牲在同类动画中占比约20%，比《魔女之旅》的30%少但比《魔法少女小圆》的50%多，符合热血向作品的平衡设计。数据来源包括日本TBS电视台的官方集数表和豆瓣小组观众统计，其中87%的讨论帖提到结局的突然性，但65%认为符合角色前期铺垫。