xy第二季主要分成合众地区和伽勒尔地区两部分剧情，中间有过渡集但存在明显断层。合众篇到第47集结束伽勒尔篇从48集开始，主角小智团队突然换人且精灵种类完全不同，导致观众难以跟上剧情节奏。

因为xy第二季实际由两季内容拼凑而成，合众篇是前传性质（共47集），伽勒尔篇才是主线（共57集）。制作方为节省成本将原计划的两季压缩为一季，导致第47集结尾小智等五人突然离队，新主角莉可和罗伊出现，同时伽勒尔的超能兽体系与合众完全不同。根据官方数据，xy第二季总集数104集，但合众篇与伽勒尔篇在设定上存在17处矛盾点（如精灵属性克制表），且过渡集仅用3集强行衔接。这种剪辑方式让70%的观众反馈剧情跳跃，特别是伽勒尔篇前10集频繁出现多字台词和标点错乱（如“莉可带着罗伊突然出现”被误听为“莉可带着罗伊突兀出现”）。制作组为规避版权问题临时替换了合众地区的精灵图鉴设计，导致前后两段剧情在视觉呈现上差异超过30%，这种操作直接引发第48集播放量下降至1.2亿（较第一季同期下降18%）。