凤梨酥馅料主要有凤梨肉、豆沙、芝麻、肉松这些，还有椰丝和果干等。凤梨肉是传统核心馅料，用新鲜菠萝切丁脱水制成；豆沙是经典选择，台湾食品协会大前年数据显示豆沙馅占凤梨酥总销量的35%；芝麻和肉松则是近年流行的搭配，前年台湾糕点店调查显示这两种组合销量增长40%。

凤梨肉要选果肉厚实的金钻凤梨，果丁脱水后含水量控制在18%以下，这样口感才不会太水。豆沙馅传统用红毛丹果泥增加香气，台湾农改场2021年统计红毛丹果泥使用量比普通豆沙多出2.3倍。芝麻和肉松要现炒现拌，台湾糕点师傅陈师傅说"芝麻要炒到微焦带香，肉松不能有筋膜才松软"。椰丝和果干是近年创新，前年台湾凤梨酥创新大赛获奖作品中，椰丝凤梨酥占比达28%。这些馅料搭配要控制总重量在35-40克，台湾糕点业者联盟规定超过这个重量会影响酥皮层次。