制作毛豆腐主要用毛霉菌种，特别是沪毛1号这个品种。毛霉能让豆腐表面长出白色绒毛，还能分解蛋白质让豆腐变松软。这个菌种选得讲究，温度要控制在25℃到28℃之间，湿度得保持85%以上。发酵时间大概要三天半到四天，期间得每天翻动一次豆腐，不然容易发酸变苦。

其实这菌种选得讲究，得看它产毛和产蛋白酶的能力。沪毛1号产毛多，三天就能长满绒毛，蛋白酶活性超过2000μ/mL，比普通毛霉高30%。有研究说它最适生长温度是25-28℃，pH值5.5-6.5，湿度85%以上。而且它产毛速度比其他菌种快1.5倍，比如沪毛1号三天长毛，其他菌种要四天。关键它分解蛋白质效率高，让豆腐内部结构松散，吃起糯叽叽的。所以现在毛豆腐厂都用沪毛1号，成本比用其他菌种低20%。不过要注意温度别太高，超过30℃容易长霉斑。