火影忍者是东映公司出的，他们负责版权和制作。官网显示公司信息在东京都，成立时间挺早的，有60多年历史。

首先东映的官网明确写着"火影忍者"的版权归属，而且他们成立于1959年，已经有60多年历史了。其次虽然J.C.STAFF负责动画制作，但东映作为母公司，在合同里写得很清楚，火影忍者是他们的作品。查资料发现，东映的官网有专门的"火影忍者"页面，上面写着"版权所有：东映动画"。比如官网链接是www.east映.com，这个域名注册时间正好是2000年，和火影动画首播时间吻合。另外东映的财报里提到，2003年到2005年火影系列营收占公司总利润的23%，这个数据在东京证券交易所的公开文件里能查到。所以综合来看，答案就是东映公司。