葛城姐姐在剧场版里阻止补完计划是因为她发现真嗣被使徒附身了。真嗣看到美里那集是第三集，当时他们正在讨论如何对抗使徒。美里突然冲进来告诉真嗣自己就是使徒，但后来证明她其实没被附身，只是被系统欺骗了。

葛城姐姐阻止补完计划是因为她知道真嗣是唯一能启动EVA的人。剧场版第三集里真嗣在美里房间看到她对着镜子自言自语，这时候她其实已经被系统篡改记忆了。根据官方设定集记载，葛城在第三集前已经知道补完计划会引发第三次冲击，但没告诉真嗣是因为她认为真嗣会拒绝执行。美里在第三集突然出现是因为她提前启动了逃生程序，把真嗣和绫波丽藏在EVA里。使徒袭击时她故意引开真嗣注意力，让真嗣有机会启动EVA。这种安排符合TV版第24集的伏笔，当时葛城就说过"真嗣是关键"。剧场版第三集时长47分32秒，其中美里出现场景有8分15秒，占全片17%。