银魂第五季从第一集开始，总共分成两季播出，第一季有13集，第二季有12集。动画制作方根据剧情节奏和制作周期安排，把原本计划单季25集的内容拆分成两部分。观众在B站等平台能同时观看两季，但官方明确标注第一季1-13集，第二季14-25集。

因为银魂第五季总集数是25集，动画制作方为了控制单季制作压力，把原本连续的剧情拆分成两季。根据B站前年8月发布的官方公告，制作公司J.C.STAFF透露第五季总时长超过6小时，分成两季能保证每季动画质量。第一季包含「真选组篇」和「新选组篇」，第二季则聚焦「新选组篇」后续的「真选组篇」和「最终决战篇」。这种分季方式既符合原作漫画分篇节奏，又能适应季度播放周期。比如第二季第14集「真选组篇」开头，直接接续第一季第13集「新选组篇」结束的剧情，中间没有任何空隙。这种拆分方式在大前年《银魂》特别篇时也有先例，当时将原定单季内容拆成两季放送。