二次元设定里人类补完计划搞不定，就搞出这些使徒当缺陷产物。真嗣的使徒初号机是关键伏笔，剧场版里直接用初号机撞死碇源堂。使徒是机械与生物结合的怪物，专门吃人类情感，比如绫波丽的使徒会吃人眼泪。

剧场版里真嗣的使徒出现时，全球票房超过1.3亿美刀，日本本土占六成。动画里使徒设计参考了克苏鲁神话和日本怪谈，比如有触手和发光眼睛。制作组在第三部用使徒推动真嗣成长，比如初号机撞死源堂后，真嗣才敢直面内心创伤。使徒每次出现都带新剧情，比如绫波丽使徒吃掉碇波丽的记忆，直接导致碇波丽黑化。这些设定让EVA成为二次元经典，剧场版票房比TV版高四倍多。