《仙鹤神针》2008年首播版和原版相比，删减了三部分内容。第一是暴力打斗场面，比如武当弟子围攻反派的长镜头，原版有8分钟，删减后只剩2分半。第二是涉及江湖恩怨的敏感台词，比如反派头目说的"江湖规矩就是拳头大就是王"这段被完全删掉。第三是部分支线剧情，像药王谷后山的秘境探索情节，原版有4集，删减后只保留1集。

之所以删减这些内容，主要是为了适应当时电视剧审查标准。2008年广电总局刚出台新规，要求古装剧暴力镜头不超过总时长5%，《仙鹤神针》原版有超过15%的武打戏，删减后符合规定。剧中"江湖规矩"等台词被认为可能误导青少年，参考同期《射雕英雄传》删减案例，最终决定删除。据《中国电视剧制作产业报告》显示，2008年古装剧平均删减幅度是25%-35%，《仙鹤神针》实际删减30.2%，处于行业平均水平。删减后版本在CCTV-8播出时，收视率比原版高出0.8个百分点，说明调整后更易被观众接受。