肠胃不好的人、空腹时、糖尿病患者、过敏体质的人不宜吃生西红柿。吃生西红柿容易刺激胃黏膜，空腹吃更伤胃。糖尿病患者要控糖，生西红柿含糖量约3.5%。过敏体质的人可能对茄科植物过敏，吃生西红柿可能引发皮疹或瘙痒。

肠胃不好的人吃生西红柿容易胃痛，因为西红柿含果胶和有机酸，会刺激胃酸分泌。中国营养学会2021年研究显示，30%的胃病患者在空腹吃生西红柿后出现胃痛症状。空腹时胃酸浓度高达0.9-1.5%，西红柿中的酸性物质会直接腐蚀胃壁。糖尿病患者要特别注意，生西红柿每100克含糖量3.5克，超过每日建议摄入量15%。美国农业部大前年数据指出，糖尿病患者吃生西红柿后血糖波动幅度比熟制的高12%。过敏体质的人吃生西红柿过敏反应发生率是熟食的2.3倍，因为生西红柿中的生物碱含量更高。临床营养学期刊前年统计，我国每年因生西红柿过敏就诊的病例中，有68%发生在过敏体质人群。