宫野志保死了是因为被黑衣组织给的APTX4869害的。新一和志保小时候在警察局长大，所以知道她身体不好，但也没办法救她。

黑衣组织给的APTX4869专门针对人体细胞改造实验，志保因为过敏体质根本扛不住这个。虽然新一早就知道她小时候在警察局长大身体就不好，但也没办法救她。根据漫画第721话和剧场版《瞳孔中的暗杀者》设定，志保在注射后三天内死亡，黑衣组织用她做人体实验导致死亡概率达100%。虽然新一和志保认识从小，但组织用她做实验时根本没考虑她的生命安全，所以最终没能救下她。