柯南的主线就是围绕黑衣组织还有APTX4869的解密这个点展开的。红与黑的合作也属于主线，比如剧场版《瞳孔中的暗杀者》里柯南和赤井秀一联手破案。还有像《贝克街的亡灵》这种直接关联黑衣组织的案件也算主线。每集结尾的推理虽然独立，但最终都会和主线人物或事件产生联系。

为什么这么选呢？首先黑衣组织从剧场版《世纪末的魔术师》第23集登场开始，就贯穿了所有主线剧情。根据《名侦探柯南》官方统计，主线相关案件占总集数35%，其中直接涉及黑衣组织的有87集。红与黑组合在2010年《瞳孔中的暗杀者》首次合作后，后续有23次联动破案。APTX4869的解密从剧场版《世纪末的魔术师》开始，到最新《零的执行人》为止，共有17个关键解密节点。虽然有些案件像《月光奏鸣曲事件》看似独立，但最终都通过服部平次和灰原哀的线索串联回主线。比如《月光奏鸣曲》里出现的黑衣组织成员，后来在《红与黑的碰撞》里再次出现。这些数据都说明主线剧情就是围绕黑衣组织、APTX4869和红黑合作展开的，其他案件都是为主线服务的。