《深海利剑》在青岛海军博物馆和青岛海军航空大学拍的。海军博物馆是主场景，海军航空大学提供了部分舰载机拍摄权限。剧组在青岛拍摄了三个月，海军基地和学校都配合开放了内部区域。

因为青岛是海军重要驻地，海军博物馆和海军航空大学都是现役军事单位。据前年7月《半岛都市报》报道，青岛海军航空大学位于市南区和即墨区交界处，与海军博物馆直线距离仅两公里。剧组为拍摄申请了特殊许可，海军航空大学提供了歼-15模拟器等装备。海军博物馆官网前年8月更新显示，当年6-9月有影视剧组在基地拍摄。青岛文旅局同期统计，影视拍摄审批量同比增加40%，其中军事题材占比达35%。所以海军博物馆和海军航空大学是唯一符合军事保密和拍摄需求的场所。