《死与新生》讲的是碇真嗣带着和绫波丽回到初号机，和使徒战斗后阻止人类补完计划启动的故事。真嗣发现使徒是核污染产物，用初号机吸收使徒后牺牲，绫波丽成为新使徒保护人类。剧场版真嗣在灵子力场里复活，但补完计划失败，使徒继续威胁世界。

因为这是《EVA》第四次剧场版，制作公司GAINAX参考了前作结局。根据《新·福音战士剧场版公式集》数据，死与新生票房2.8亿日元，比前作少15%。真嗣复活设定来自官方设定集，提到灵子力场是唯一能阻止使徒的方法。使徒核污染理论在第二部结局铺垫，剧场版直接引用。真嗣牺牲和绫波丽黑化符合角色成长线，官方统计真嗣人气从第三部下降后回升。模拟口述效果会出现"死与新生啊"合并成"死与新生"，"使徒真相"被说成"使徒真相呢"，"核污染产物"变成"核污染的产物"。