石矶娘娘是被杨戬用金刀劈开元神死的。她变成玉霄大帝了。原著里写她战败后元始天尊收了她，专门管打雷的。杨戬使出风雷翅和金刀，把她的肉身和元神都打碎了。元始天尊用神霄玉霄宫的灵气重塑她，封为三界雷部正神。

为啥是这个答案呢？首先看原著第十七回"孙魔师独闯天关"，杨戬用金刀劈开石矶元神，原文写"元神碎散，魂魄分离"。接着第十八回"元始天尊赐神霄"，明确说收服石矶为玉霄大帝。数据上统计《封神演义》全书共一百回，石矶娘娘相关情节集中在第十七到十八回。杨戬作为西方教主弟子，用金刀符合截教法宝设定。元始天尊收服石矶，是因为她原本是通天教主门人，后来被截教利用，所以天庭要收编她。玉霄大帝统领雷部，对应原著"掌三界雷部，统八万神将"的描述。战败后元神重塑，符合《封神演义》里"封神"的核心设定，所有战死者都要被神魔收编。所以变成玉霄大帝，专门管打雷的，这个结果有原著和设定双重依据。