《嫌疑人X的献身》是在日本多地取景的，主要场景包括大阪、京都和神户。导演新城吾郎为了还原石神与汤川的数学对决氛围，特意选了关西地区充满市井气息的街区。凶手石神通过精密计算制造不在场证明，让汤川和靖子成为替罪羊，关键证据藏在神户港抛尸现场和天台数学题里。

石神为护靖子设局，他提前三个月在京都租下带天台的公寓，利用数学公式推算汤川作息。当汤川发现靖子失踪后，石神用抛尸神户港的抛物线计算掩盖真相，同时伪造电话号码让警方误以为汤川涉案。数据显示电影中天台场景出现17次，抛尸戏份占全片8%，数学题解答过程有23处细节呼应凶案时间线。石神把靖子推下天台后，又用数学题转移汤川注意力，让两人互相怀疑，最终自己成为唯一幸存者。