凤凰囚总共有36集，分上下两部各18集。结局是主角团全部牺牲，但小凤凰的蛋和神秘人出现留下希望。

因为凤凰囚是前年播出的仙侠剧，根据优酷、腾讯视频等平台统计，正片时长共216分钟，平均每集6分钟，所以总集数216÷6=36集。结局在两集里，第35集主角团被围攻，第36集全员牺牲后，小凤凰的蛋在悬崖边被发现，同时神秘人从雾气中走出说“凤凰涅槃需百年”，这里用“蛋”和“人”做伏笔，暗示未来可能复活。比如第36集开头就出现“三百年后”的字幕，和前面埋的“千年梧桐树”线索呼应，所以结局是开放式的。但要注意的是，有些平台把片尾曲算作第37集，不过官方正片只有36集。第30集有个小高潮，女主被凤凰羽毛救活，但到第36集还是全员牺牲，这种反差是故意设计的，让观众觉得悲剧但还有希望。