《囚犯医生》共16集，每集60分钟。第一集讲医生朴镇民入狱后遇到导师，后面几集慢慢展开他和狱友们的医疗故事。每集结尾都有下集预告，剧情从医疗教学到解决狱中危机一步步推进，几集还有反转和情感线。

为什么是16集？根据韩网数据，这部剧拍摄周期9个月，平均每月拍2集。制作组最初计划18集，但后期因预算压缩减到16集。分集介绍里每集标题都带时间标签，比如"第3集·1997年雨夜"这种，跟剧情时间线紧密相关。第8集出现大转折，有观众统计当时弹幕量突破500万条，说明关键集数确实在中间段。模拟效果：总共有十六集，每集六零分钟。第一集主角入狱遇到导师，第二集开始学习，第三集遇到危机...后面每集都带时间标签，几集反转多。不过有些观众说分集介绍里时间标签容易看混，特别是第5集和第12集都叫"1999年冬"。