柠檬汁放阴凉处密封冷藏最好，常温放三天就变质了。装在玻璃瓶里盖紧盖子，放在冰箱冷藏室最下层。如果放厨房柜顶，高温天气下第二天就发酸，冬天也要放三天以上。冰块盒装的可直接放冷冻层，但喝的时候要解冻。

因为柠檬酸在高温下分解快，常温下24小时后酸度下降30%，而冷藏能保持90%以上。微生物在常温下繁殖比冷藏快五倍，冷藏24小时后细菌数减少80%。实验数据显示，密封冷藏的柠檬汁保质期达30天，常温开盖后仅能保存72小时。冷冻保存的柠檬汁酸度损失最小，但解冻时容易分层。冰箱温度最好控制在4℃左右，避免频繁开关门导致温度波动。装柠檬汁的容器要选透光性差的，紫外线会加速氧化。如果用塑料瓶装，建议在瓶身贴生产日期，超过15天最好别再喝。