幸福配方2020第二期在12月20日录完最终对决，六支队伍只剩两支晋级决赛。评委打分和观众投票各占一半，杭州的“味觉特工”队和成都的“川味研究所”队打平，用现场投票决出前者胜。节目组临时加赛一道甜品挑战，让“味觉特工”多拿20分，最终以总比分82:78夺冠。

节目组提前两周公布淘汰规则，前五期每期淘汰两队，第六期再减半。数据上“味觉特工”在第七期后总积分领先12分，但观众投票率从60%暴跌到35%，节目组怀疑是成都队粉丝刷票。决赛时“味觉特工”主厨临时换菜式，评委打分从平均8.2降到7.5，观众投票却反升15%。节目组解释说甜品加赛环节观众参与度翻倍，所以最终冠军是“味觉特工”。不过有弹幕说成都队粉丝在第七期后每期多投3000票，但节目组没回应。