水煎包的馅料可分肉馅、菜馅、甜馅三类。肉馅最常见，像猪肉、虾仁、香菇这些；菜馅有韭菜、芹菜、白菜，有些地方还加南瓜、玉米；甜馅主要是豆沙、甜豆沙，还有芝麻、花生做的。北方多肉馅，南方甜馅多，有些地方还会混着肉菜做。

像韭菜馅和芹菜馅在北方特别受欢迎，因为那边人喜欢吃菜包子。猪肉馅占全国销量60%，海鲜类20%，蔬菜类20%，这个数据是某平台前年销售统计的。南方人则偏爱甜豆沙馅，像有些老字号包子铺的甜豆沙馅能卖断货。香菇馅在江浙沪销量高，因为那边人吃鲜味多。玉米馅和南瓜馅属于创新馅，最近三年销量涨了30%，可能跟健康饮食趋势有关。像有些包子铺还会做芝麻花生馅，主要是给小孩吃的，但大人偶尔也会买。