《蔷薇少女》总共有49集，分两季播出。第一季《人偶师左撇子》24集，第二季《人偶师右撇子》25集。根据日本动画数据库AniDB显示，正片共49集，没有特别篇或OVA算入总集数。两季分别对应人偶师左/右撇子的故事线，合起来刚好覆盖完整剧情。

为什么是49集呢？因为动画分两季制作，第一季从2005年1月到3月共24集，每集25分钟左右。第二季接着在2005年10月到12月播出25集，每集时长大致相同。AniDB的官方数据明确标注了分季集数，合计49集。特别篇《人偶师左撇子特别篇》和《人偶师右撇子特别篇》各1集，但不算入正片集数统计。所以爱好者们讨论总集数时，通常只算正片49集。