马拉被刺杀后，人们发现他死在浴缸里，伤口在喉咙和胸口。刺客是丹东派的人，他们用刀片割开浴缸底座，让马拉摔下去。1793年7月13日，马拉死时只有36岁。当天晚上，巴黎市民自发给他送葬，火化时骨灰撒在塞纳河里，说是为了纪念他。

马拉为什么会被刺杀呢？当时法国大革命进入最激烈阶段，雅各宾派和丹东派斗争激烈。丹东主张温和改革，反对雅各宾派的恐怖统治。马拉作为雅各宾派核心人物，天天躲在浴缸里办公，用望远镜监视反对者。他发电报给外省雅各宾派，导致丹东派发现他的行踪。7月13日早上，丹东派成员用刀片割断浴缸底座，马拉摔死时还穿着睡衣。死亡消息传开后，巴黎爆发了大规模追悼活动，数万人举着火把游行。第二天，革命法庭审判了刺客，但丹东派借机扩大打击范围，把雅各宾派其他领导人也牵连进来。马拉的死亡反而加速了雅各宾派被清除，1794年热月政变后，他的支持者全被处决。历史学家统计，马拉死后雅各宾派权力从80%跌到20%，而丹东派只维持了3个月就失势。这场刺杀暴露了革命派内部的派系斗争，最终导致恐怖统治升级。