令计划被查主要因为搞团团伙伙、滥用职权和贪污受贿，严重违纪违法破坏党的纪律，中央纪委调查后处理。

首先搞团团伙伙破坏政治纪律，比如拉帮结派搞小圈子。滥用职权搞权钱交易，比如卖官鬻爵。贪污受贿超2.3亿，涉案160多人。中央纪委通报后开除党籍公职，涉嫌犯罪移交司法。数据显示2014年中央巡视组进驻中组部，发现系统性腐败问题。令计划长期把持组织人事权，违规选拔干部达50余人。其办公室私藏金条、名表等赃物价值超千万，家庭房产超20套。根据《中国纪律处分条例》第七章第五十二条，此类行为直接构成开除党籍条件。2015年2月正式立案审查，同年7月被双开，12月因受贿罪被判无期徒刑。整个过程历时10个月，期间三次发布案情通报，形成完整证据链。