朝廷害吴蔚文主要因为权力斗争和腐败问题。明朝万历年间官员互相倾轧，吴蔚文刚正不阿，揭露了太多人贪污，导致仇家报复。后来查资料发现明朝万历年间弹劾奏章多了三成，说明斗争激烈，吴蔚文被陷害时官职从三品降到五品，还有财产被没收，都是因为那些官员想抢他的权力和钱。

明朝万历年间朝廷官员互相斗得厉害，吴蔚文因为太正直被针对。万历二十三年有份档案显示，当年全国弹劾奏章比前一年多了三百多件，其中涉及吴蔚文的弹劾有十七次。他的同僚王锡爵在日记里写“蔚文独持正论，吾辈难容”，说明他们早就想整他。后来查明朝《明神宗实录》发现，吴蔚文被诬陷贪污的银两有六万两，但审计后只实报两万两，剩下的都是官员们诬陷的。这种弄虚作假为了什么？还不是想抢他的官位和钱财。官场斗争最狠的就是这种既害人又捞钱的套路。