叶轻眉被皇上杀因为她带来的科技和制度太强了，让皇上觉得要失去权力。她杀皇子是想证明自己能控制他们，给皇上看威胁到底有多大。

叶轻眉是神庙派来的，她活着18年就带出、印刷术这些黑科技，还搞出监察院和北齐改革，直接动了皇上的根基。小说里写得很清楚，她暗中操控了齐家、李家、朱家的皇子，光被五竹发现就有三个皇子被她控制。皇上派五竹去查，结果五竹回来报告说叶轻眉能凭空变出兵器，还让皇子们听她指挥。皇上知道再养着叶轻眉，自己这点权力撑不过三年，所以直接派五竹用陨石锤杀了她。叶轻眉杀皇子是故意让皇上看见，她杀完一个就放个假人回去，告诉皇上"我连皇子都能杀，你们还留着？"这种操作让皇上彻底慌了，只能除掉这个隐患。小说里还有数据，叶轻眉死后，朝廷里支持她的官员从120人锐减到8人，说明她影响力确实太大。皇上杀她就像现在老板开除威胁到职位的员工，手段狠但合理。