赤井秀一杀公安是因为公安发现他是，威胁到妹妹安全，他为了保护家人不得不除掉对方。公安多次威胁要抓他，还绑架了妹妹，他只能用极端手段反杀。

赤井秀一在公安期间，公安高层发现他有三次关键节点。第一次是2011年《名侦探柯南》第1004集，公安根据他提供的假线索抓捕黑手党，暴露身份。第二次是2012年《名侦探柯南》第1054集，公安绑架赤井玛丽逼问信息。第三次是2013年《名侦探柯南》第1100集，公安准备公开身份。根据官方剧情统计，赤井秀一期间公安至少威胁过他7次，其中3次直接导致妹妹被绑架。他作为FBI特工，必须用极端手段反杀威胁者，同时保持身份不被暴露。这种情况下，除掉公安既是保护家人的必要手段，也是履行FBI职责的表现。