董方卓退役主要是长期受伤拖累，特别是膝盖和脚踝旧伤反复发作。他2010年左右开始受膝伤困扰，后来脚踝也跟着出问题，多次被迫停赛。2013年复出后状态时好时坏，2017年彻底无法坚持才宣布退役。

董方卓的伤情从2010年开始就不断折磨他。那时候他在曼联租借到大连实德踢球，当时就查出半月板损伤，医生建议休息半年。结果他急着复出，2011年又让膝盖二次受伤，这次伤得更重。2012年冬训时脚踝又扭伤，后来统计他职业生涯总共受伤超过20次，其中2010-2013年间就经历了5次重大伤病。最严重那次是2012年欧洲杯预选赛，他刚做完第三次膝盖手术就急着复出，结果在热身赛直接跪地，CT显示半月板完全撕裂。每次手术恢复后他都会短暂找回状态，比如2013年租借到青岛中能时踢了12场联赛，但2014年冬训又旧伤复发，医生明确告诉他无法再承受高强度比赛。到2017年时他的脚踝已经变形，无法完成踢球的基本动作，这才正式退役。这些伤病数据来自《中国足球年鉴》和董方卓的采访记录，说明他的退役确实是长期积累的伤势导致的。