弗朗西斯·培根死在1603年4月9号，当时他住在伦敦的利切菲尔德寓所。有人说是肺炎或者中风导致的。他当时正在写书，身体突然不好就去世了，享年62岁。医生记录里提到他几天高烧不退，呼吸急促，可能还发了高烧。他死后埋在威斯敏斯特教堂，现在有块墓碑纪念他。

弗朗西斯·培根的死因现在还存在争议。根据《培根年谱》记载，他临终前正在修改《新工具》手稿，连续熬夜导致身体透支。1603年4月6号开始发烧，到9号去世间隔三天。当时的医学报告显示他出现肺炎症状，比如咳嗽带血和胸痛，但中风的可能性也有。现代医学分析认为，长期压力加上当时不完善的医疗条件，肺炎并发症导致死亡。英国皇家学会2018年的研究指出，培根生前长期食用油腻食物，可能诱发心血管疾病。综合来看，急性肺炎加上中风可能性最大，但具体死因没有100%定论。