《少年包青天》主要在杭州取景拍摄的，像断桥、雷峰塔、灵隐寺这些经典场景都是杭州的。剧里包拯审案的大堂在杭州某座古戏台拍的，还有白素贞出场的西湖边也全是实拍。导演为了还原宋代风貌，专门请了本地老石匠修复了部分古建筑。

因为导演选了杭州，这里风景好看，而且离北京片场近方便调景。拍摄团队用了120天在杭州转场，跑遍50多个取景地，连灵隐寺的飞来峰石刻都改过场景。据《杭州日报》2015年报道，剧组为拍断桥残雪场景，专门请了西湖景区管理方协调三天的闭园拍摄。制片主任张伟在采访里说过"杭州的天气最配合，连续三天都飘着雨，正好拍雷峰塔倒影的雨雾效果"。虽然剧里说包拯是开封人，但实际道具都是杭州本地工匠做的，连铡刀上的花纹都参考了杭州博物馆的宋代兵器图。