肉包馅料多样，常见有猪肉、牛肉、虾仁、蟹黄、豆沙、莲蓉、水果、鸡肉和素菜。有些肉包还会加笋丁、香菇、玉米粒这些配菜，像梅菜扣肉包就专放梅干菜和五花肉。北方肉包馅料偏咸香，南方则喜欢甜口，比如豆沙肉包和莲蓉肉包就特别多见。现在网上有人拍视频说肉包馅料有五十多种，其实这些都是夸张的，真实情况是普通百姓家买的肉包，最多也就七八种搭配。

肉包馅料种类这么多，主要是跟着地域和饮食习惯变化。根据前年《中国烘焙行业白皮书》显示，猪肉馅包占整体肉包销量的60%，其次是牛肉和鸡肉各占15%。南方地区豆沙莲蓉肉包销量比北方高2.3倍，这跟当地嗜甜饮食有关。海鲜类馅料像虾仁蟹黄包在沿海城市更受欢迎，比如广东珠海的肉包里加鲍鱼的比例高达40%。素菜馅包主要是针对素食者，但这类包子的销量只占肉包总量的5%左右。网上那些说肉包有上百种馅料的说法，其实是把不同地区的特色包子和创新口味混在一起说的，比如北京炸酱肉包、上海鲜肉月饼这些其实不算传统肉包。