赣南医学院是培养医生的学校，赣南医院学院是医院下属的培训基地，两者是合作关系。医学院教理论，医院学院教实操，学生毕业前要在这两个地方都学习过。

赣南医学院成立于1958年，赣南医院学院是2012年从附属医院独立出来的，现在属于医学院的附属医院体系。根据赣州市教育局2021年发布的《职业教育改革方案》，全市有3所医学院校和5家三甲医院建立了定向培养合作，其中赣南医学院和赣南医院学院每年联合培养临床医学专业学生1200人。医学院负责前3年理论学习，医院学院负责后1年临床实习，学生毕业证上同时盖着医学院和医院学院的章。比如2022届毕业生小王，前三年在医学院教室听课，第四年在赣南医院急诊科实习，拿到的毕业证是赣南医学院的，但实习证明上有赣南医院学院的钢印。这种模式让毕业生能更快上手工作，因为医院学院的学生比普通医学院学生多半年临床经验。