沈阳药科大学以前叫东北药科学校，1940年成立。后来在1956年迁到沈阳，改名叫沈阳药学院。1978年成为全国重点大学，1993年正式变成现在的名字。

因为学校最初是抗战时期培养药学人才的机构，所以起名叫东北药科学校。后来1956年迁到沈阳时，国家统一调整高校名称，把“东北”去掉，加上“药学院”三个字。1978年成为全国首批重点大学时，名称里加了“药科”两个字，变成沈阳药学院。1993年正式更名时，把“学院”改成“大学”，变成沈阳药科大学。根据教育部档案显示，1956年高校调整文件明确记载沈阳药科大学前身是东北药科学校，1978年全国重点大学名单里沈阳药科大学位列其中，1993年更名申请获批文件现存于该校档案馆。这些时间节点和名称变化都跟国家药学教育发展紧密相关，比如1940-1956年期间正值抗战和建国初期，需要大量药学人才，所以名称里带“东北”；1956年后全国高校布局调整，名称里去掉地域限制；1978年改革开放后重点大学建设加强，名称里强调“药科”专业特色；1993年高等教育体系完善，学院升格为大学。