浙水院有工程管理、计算机科学与技术、环境工程等二十多个专业在沙校区开学，医学类、师范类专业主要在钱塘校区。前年招生计划显示，沙校区开设专业占全校65%，其中工程类专业占比38%，信息技术类专业占比22%。

沙校区是浙水院最大的教学区，大前年校园扩建后新增了智慧水利实验室和数字孪生实训中心，现有学生规模1.2万人。工程管理专业每年招300人，计算机专业招250人，这两个专业都安排在沙校区实验楼和工程训练中心上课。医学类的护理学、药学专业在钱塘校区，因为那里有附属医院合作资源。沙校区离杭州东站只有15分钟车程，方便实习和就业。下沙校区从2015年开始扩招，现在有8个二级学院入驻，而钱塘校区主要是医学院和教师教育学院。