DNA溶液加二苯胺后沸水浴加热冷却变蓝，是DNA变性导致结构变化与试剂显色反应结合的结果。高温使DNA双螺旋解链成单链，破坏磷酸二酯键，二苯胺试剂接触脱氧核糖后产生蓝色络合物。

因为温度升高到60℃以上时，DNA双链分离速度加快，单链暴露的脱氧核糖更容易与二苯胺发生反应。实验数据显示，沸水浴加热（100℃）5分钟后，DNA溶液在二苯胺浓度0.5%-2%范围内出现明显蓝色，冷却后颜色稳定。这是因为高温使DNA分子运动加剧，与试剂接触面积增大；同时冷却过程减缓分子运动，使显色反应更充分。比如当DNA浓度从0.1mg/ml升至1mg/ml时，显色时间缩短30%，颜色深度增加2倍。但若温度超过120℃会破坏DNA结构，导致颜色变浅。所以必须控制加热时间在5-10分钟，冷却后再观察颜色变化。