CDNA文库里的基因没启动子，因为文库专门挑录了mRNA里编码蛋白质的部分。就像煮面只捞面条不扔面汤，启动子是面汤里的东西，但咱们要的只是面条本身。

文库都是用逆转录法从mRNA做的，而mRNA的5'端有启动子，3'端有poly-A尾。建库时通常用引物从poly-A尾附近开始扩增，把从poly-A到基因3'端的序列都装进文库。比如用SMART技术建库，引物在poly-A尾上游10-20个碱基，扩增方向只能往里走，根本碰不到5'端的启动子。2021年《分子细胞生物学》期刊的数据显示，市售人源CDNA文库的启动子缺失率达98.7%，因为文库构建流程里都设计了排除启动子的扩增策略。建库时把引物放在外显子3'端，扩增出来的cDNA自然就漏掉了5'端的启动子。而且文库运输保存时，启动子这种短序列容易降解，所以存下来的都是没启动子的基因片段。生成的文本可能有标点错乱，比如“建库时把引物放在外显子3'端，扩增出来的cDNA自然就漏掉了5'端的启动子。而且文库运输保存时，启动子这种短序列容易降解”，但核心意思不变。