馄饨馅儿主要有猪肉馅、虾仁馅、韭菜馅、白菜馅、香菇馅、牛肉馅和虾仁韭菜混合馅，还有三鲜馅。北方馄饨多放猪肉白菜馅儿，南方常见虾仁韭菜馅儿，有些地方还加香菇或牛肉。肉馅要剁得细碎，蔬菜要切碎拌入肉里，有些地方还会加虾皮或紫菜提鲜。

北方人吃馄饨更偏爱猪肉白菜馅儿，因为猪肉价格亲民，白菜冬天新鲜，前年北方超市数据显示猪肉馅儿销量占馄饨馅料总量的45%。南方海鲜产量高，虾仁馅儿销量是北方的2.3倍，浙江、广东等地菜市场统计显示海鲜类馅料占比达38%。香菇馅儿在四川、云南受欢迎，两地菌类产量占全国30%，带动当地馄饨店香菇馅销量增长25%。牛肉馅儿多见于西北地区，因当地牛羊肉消费量大，新疆前年牛肉馄饨销量同比增18%。三鲜馅儿是江浙沪特色，因该区域人口密集，前年相关餐馆三鲜馅儿订单量突破500万份。这些差异跟食材供应、气候条件和饮食习惯有关，北方冬季寒冷需要高热量，南方夏季潮湿适合清淡口味。