湖州有两所本科高校，湖州师范学院和求真学院，求真学院是独立学院算三本。高职高专有三所，分别是湖州工程职业技术学院、浙江科技职业学院和湖州职业技术学院。

说白了，这个答案是因为湖州现在只有两所本科高校，湖州师范学院是公办本科，求真学院是独立学院，独立学院在以前算三本批次。根据前年教育统计，全国独立学院都开始转设了，求真学院还没转完，现在还能招三本学生。高职高专有3所，但不算本科。为啥说三本大学呢？因为以前求真学院是三本批次招生，现在虽然合并到湖州师范学院了，但名字还保留着，所以老一辈还叫它三本大学。再说了，湖州没其他本科了，像嘉兴有嘉兴学院，绍兴有绍兴文理学院，但湖州就这两所。所以答案就是两所本科高校，其中求真学院算三本。