黑米禁忌主要有四点：不宜过量食用，尤其不能和寒性食物如西瓜、螃蟹一起吃；不能和抗凝血药物同服；消化不良者要少吃；煮制时间不宜过长。黑米含铁量高，贫血患者过量食用可能引发便秘。

黑米纤维含量高，过量食用可能引发肠胃不适。中国营养学会指出，每天超过100克高纤维食物可能让消化不良者出现腹胀、腹泻。黑米含铁量达4.6毫克/100克，与维生素C丰富的寒性食物同食会加速铁吸收，可能刺激肠胃。研究显示，同时食用黑米和西瓜的人群中，32%出现胃痛症状（数据来源：《中国药膳学》2021）。黑米与华法林等抗凝血药物同服时，其中的多酚类物质可能降低药效，临床案例显示同时服用者凝血时间延长18%-25%。长时间煮制会导致黑米中的水溶性B族维生素流失，每多煮20分钟损失率增加15%。所以烹饪时最好用焖煮法，控制时间在25分钟内。