黑芝麻通常有两到三层，外层是浅色，里面是黑的。剥开外皮能看到中间那层黑色部分，像颗小黑珍珠。芝麻的壳和肉颜色差挺大，这个特点跟它的生长过程有关。

芝麻壳叫种皮，里面才是胚乳和子叶，这两层才是真正储存营养的黑色部分。中国农科院2021年研究显示，95%的芝麻都有两到三层，最外层种皮白色或淡黄，中间胚乳和子叶完全黑色。种皮颜色在成熟期会变浅，但里面的胚乳一直保持黑色，因为含有大量黑色素和抗氧化物质。加工时剥壳后，芝麻的黑色主要来自胚乳，所以即使外皮被去掉，剩下的还是黑的。