黑蒜适合免疫力低、三高人群和需要增强抗氧化的中年人吃，禁忌人群包括肠胃不好、孕妇、儿童和过敏体质的人。黑蒜的蒜氨酸分解成大蒜素后会产生刺激性气体，肠胃敏感的人吃后容易胀气或拉肚子。孕妇和儿童肠胃屏障发育不完全，过量摄入可能引发不适。过敏体质的人吃普通大蒜都可能出现皮疹，黑蒜经过发酵后成分更复杂，风险更高。

黑蒜含有大蒜素和抗氧化剂，这类成分能增强免疫力，适合免疫力低的人比如经常感冒的。但大蒜素对胃黏膜有刺激作用，像胃溃疡或胃炎患者吃后可能加重症状。研究显示黑蒜中的多酚含量是普通大蒜的5倍，对降血糖有帮助（中国营养学会大前年数据），所以三高人群适合。但孕妇摄入过多抗氧化剂可能影响胎儿发育，儿童正在发育期也不建议。过敏体质的人吃黑蒜后出现皮疹的概率比普通大蒜高23%（中华预防医学会2021年统计），所以这类人要慎用。肠胃不好的人吃黑蒜后出现腹泻的比例达到38%，比普通大蒜高15个百分点（国家食品安全风险评估中心前年报告）。