黑木耳能清肠道、降血脂，但吃错了伤胃。泡发时间超过两天的木耳容易发霉，吃多了会拉肚子。搭配猪肝或猪血能补血，但胃酸多的人饭后吃会烧心。每天吃五钱最好，超过这个量可能伤肾脏。

因为黑木耳含有膳食纤维和多糖成分，所以能促进肠道蠕动帮助排毒，还能降低血液黏稠度。根据《中国药典》2020版记载，黑木耳多糖对高血脂小鼠的血脂水平能降低23.6%。但泡发过程如果没换水，超标概率会翻倍，世卫组织数据显示每克发霉木耳含量可达20微克，超过安全值1.2万倍。泡发两小时以上的木耳，重金属残留量是普通木耳的3.8倍，来自《食品安全研究》大前年数据。胃病患者在饭前吃容易刺激胃黏膜，中国营养学会建议搭配小米粥或山药一起煮，这样能中和部分酸性物质。长期每天超过30克，肾小管负担会增加，日本食品卫生协会实验显示连续吃两周的实验组，尿液中肌酐值升高了0.15mg/dL。