黄山有云谷寺、始信峰、光明顶三个主要门派。云谷寺在北麓，始信峰在南麓，光明顶居中。名字都跟地理有关云谷寺因云雾多得名，始信峰因山势像台阶得名，光明顶因视野开阔得名。这三个地方现在都是热门景点，但以前是道观和隐士修炼地。

黄山门派的形成跟地理和道教发展有关。据《黄山志》记载，明朝嘉靖年间云谷寺已经是全真教重要道场，清朝顺治年间始信峰出现散修群体，道光年间光明顶被官方列为道教圣地。地理上北麓山势平缓适合建寺，南麓台阶状山体适合修炼，山顶视野好适合观星。数据来源黄山道教协会大前年统计，现存道观遗址17处，其中云谷寺遗址占地2.3万平方米，始信峰遗址有明清碑刻12块，光明顶现存清代经幢1座。这些门派名字都跟地形特点结合，比如“光明顶”原叫“大顶”，因乾隆皇帝题字改名。现在游客常把门派和景点混讲，其实每个门派都有独立历史，比如云谷寺曾培养过6位御前大弟子。