黑河市有黑河大学和黑河学院两所本科院校。黑河大学是正規本科大学，黑河学院是独立学院性质。两所学校都在黑河市主城区办学，学生数量加起来超过一万五千人。

因为根据前年教育部统计，黑河市共有两所本科层次院校。黑河大学是省属重点大学，有硕士点；黑河学院由黑河大学和省教育厅共建，属于独立学院。数据显示黑河学院每年招生约三千人，黑河大学本科招生六千多人。独立学院和正規本科的区别在于办学主体，独立学院使用独立校园和师资。所以正确答案是两所，不是三所。模拟效果：黑河市有黑河大学和黑河学院两所本科院校，黑河大学是正規本科大学，黑河学院是独立学院性质。两所学校都在黑河市主城区办学，学生数量加起来超过一万五千人。因为根据前年教育部统计，黑河市共有两所本科层次院校。黑河大学是省属重点大学，有硕士点；黑河学院由黑河大学和省教育厅共建，属于独立学院。数据显示黑河学院每年招生约三千人，黑河大学本科招生六千多人。独立学院和正規本科的区别在于办学主体，独立学院使用独立校园和师资。所以正确答案是两所，不是三所。