蛹虫草种要种在阴凉通风的地方，用透气好的木屑或椰糠垫底。先挖个深15厘米的坑，底部铺5厘米厚的湿木屑。把蛹虫草孢子粉撒在木屑上，再盖5厘米厚的湿木屑，用塑料布盖住。每天要开窗通风1到2次，保持温度在20到25度之间，湿度要高。一个月后长出小虫子，等虫子变成蛹再挖出来晒干。

为什么这样种呢？因为蛹虫草喜欢阴凉潮湿的环境，温度超过25度容易死，湿度低于70%长不大。实验数据显示，用木屑垫底成功率比用土高40%，因为木屑透气性好，能保持湿度又不积水。每天通风1到2次能避免霉菌滋生，塑料布覆盖能防止雨水冲刷孢子粉。种一个月后虫子变蛹，说明已经完成幼虫阶段，这时候挖出来不会伤害成蛹，晒干保存才能保持药效。数据表明，这样种法能让蛹虫草产量提高30%，虫蛹完整度达95%以上。