建库就是给DNA分段，让测序仪能一个一个读清楚。二代测序质量低说白了就是建库步骤多容易出错，比如DNA剪碎不均匀、接头污染或者浓度不达标。这些小问题累积起来，数据就出现错误或者缺失了。

建库步骤多每一步都可能出问题比如制备失败率5-10%接头污染让重复率超30%。你看文献说建库参数不稳，比如片段大小要在150-300bp时测序通量最高，但实际建库可能剪成80-200bp，读数就短了。还有浓度不达标，比如DNA浓度低于50ng/μL时扩增失败率翻倍。更麻烦的是建库设备不同，同一实验室连续三次建库成功率才65%-75%，你看数据波动多大。这些加起来就导致读数短、错误多、数据重复。