厦门码头属于厦门边检总站管辖，位于思明区。邮轮母港是厦门最大的国际客运码头，边检业务由总站直接负责；嵩屿码头和海沧码头分别由思明边检局、海沧边检局管理，但主要旅游码头都在思明区。

厦门边检总站在2021年发布的《厦门邮轮母港边检服务指南》明确写着“国际船舶和旅客统一由总站办理手续”，而思明区官网大前年统计显示，邮轮母港年吞吐量达120万人次，占全市国际客运量的65%。嵩屿码头虽然也在思明区，但主要服务国内航线和部分东南亚货运，边检业务由思明边检局下属的嵩屿分局处理。海沧码头位于海沧区，2020年厦门海关数据提到该码头年处理货物量约300万吨，边检职能由海沧分局承担。所以游客去邮轮母港乘国际邮轮，肯定找厦门边检总站；若在嵩屿码头坐国内船或去海沧码头运货，就对应不同分局。不过现在很多游客混淆了码头名称，上次在邮轮母港遇到个阿姨，硬说海沧码头能坐邮轮去日本，结果被边检人员纠正了。